Anime Shironeko Project: Zero Chronicle ini bercerita tentang Di dunia yang terdiri dari banyak pulau, seorang pahlawan muda dari Pulau Astora bertemu dengan petualang Kyle dan mengikutinya dalam sebuah ekspedisi di pulau itu. Mereka bertemu dengan seorang gadis misterius bernama Iris dan kucing putih yang berbicara, dan bersama-sama mereka menuju reruntuhan pulau, di mana mereka menemukan pulau terbang. Kyle menjadi dikonsumsi oleh kegelapan di sana, dan partai memutuskan untuk melakukan perjalanan ke ujung dunia di pulau terbang untuk menemukan tujuh "Runes Besar," mengikuti kata-kata Kyle sebelum dia menghilang.