Anime Samurai Champloo ini bercerita tentang Fuu Kasumi adalah pelayan muda dan canggung yang menghabiskan hari-harinya dengan damai bekerja di sebuah kedai teh kecil. Begitulah, sampai dia tanpa sengaja menumpahkan minuman di salah satu pelanggannya! Dengan sekelompok samurai yang tak henti-hentinya melecehkannya, Fuu mati-matian memanggil samurai lain di toko, Mugen, yang dengan cepat mengalahkan mereka dengan teknik bertarung liar, menggunakan gerakan yang mengingatkan pada breakdance. Sayangnya, Mugen memutuskan untuk bertarung dengan ronin Jin yang tidak mau, yang menggunakan gaya bertarung pedang yang lebih tepat dan tradisional, dan yang terakhir terbukti menjadi lawan yang tangguh. Satu-satunya masalah adalah, mereka akhirnya menghancurkan seluruh toko dan juga secara tidak sengaja membunuh putra hakim lokal. Atas kejahatan mereka, kedua samurai itu ditangkap dan akan dieksekusi. Namun, mereka diselamatkan oleh Fuu, yang mempekerjakan keduanya sebagai pengawalnya. Meskipun dia tidak lagi memiliki tempat untuk kembali, mantan pramusaji berharap untuk menemukan samurai tertentu yang mencium aroma bunga matahari dan meminta bantuan dari pasangan yang sekarang sudah dibebaskan itu untuk melakukannya. Meskipun awalnya tidak setuju dengan ide ini, keduanya akhirnya setuju untuk membantu gadis itu dalam pencariannya; dengan demikian, ketiganya memulai petualangan untuk menemukan pejuang misterius ini — yaitu, jika Fuu dapat mencegah Mugen dan Jin saling membunuh. Ditetapkan dalam Periode Edo alternatif Jepang, Samurai Champloo mengikuti perjalanan tiga individu eksentrik ini dalam pencarian epik yang penuh aksi, komedi, dan pertempuran pedang dinamis, semuanya siap dengan irama soundtrack unik hip-hop yang diinfuskan.